南京市第二醫(yī)院由原南京市鐘阜醫(yī)院和南京市傳染病醫(yī)院于1996年合并組建，1997年通過省衛(wèi)生廳評審，成為江蘇省唯一的三級傳染病醫(yī)院?，F(xiàn)為東南大學醫(yī)學院附屬醫(yī)院，南京大學醫(yī)學院、南京醫(yī)科大學教學醫(yī)院，醫(yī)院分設(shè)鐘阜部(院機關(guān)所在地)和紫竹林部，占地近8萬平方米，建筑面積6萬平方米。院內(nèi)樹木蔥蘢，百花爭艷，環(huán)境優(yōu)美，是一座典型的花園式醫(yī)院。 　　南京市第二醫(yī)院現(xiàn)有職工746衛(wèi)技人員占75％，高級專家兼教授66人，其中省定333工程人才3人，省、市科委跨世紀人才9人，臨床研究生13人。編制床位600張，分設(shè)16個病區(qū)。其中鐘阜部10個病區(qū)380張床位，主要收治各種法定傳染病。沒有肝內(nèi)科、外科、婦產(chǎn)科、兒科、傳染病科、中西醫(yī)結(jié)合科、麻醉科等臨床科室。門診部設(shè)有相應(yīng)的?？萍皩＜姨厣T診。為適應(yīng)疾病譜變化以及社會需求，充分利用衛(wèi)生資源，醫(yī)院在紫竹林部增設(shè)南京市腫瘤醫(yī)院與南京市老年病醫(yī)院，編制床位220張，分設(shè)6個病區(qū)，主要收治腫瘤及老年病。設(shè)有腫瘤內(nèi)科、外科、老年病科以及社區(qū)服務(wù)部。其門診部除設(shè)有相應(yīng)的專科外，還設(shè)有動、寵物咬傷防疫門診，性病門診等。醫(yī)院的傳染科被省衛(wèi)生廳認定為省級重點學科、省級臨床重點專科。 　　南京市第二醫(yī)院承擔了南京地區(qū)及周邊省、市傳染病診治任務(wù)，醫(yī)院以醫(yī)療服務(wù)為重點，狠抓醫(yī)療質(zhì)量，提高醫(yī)療服務(wù)水平。近年來，在病毒性肝炎、肝硬化、脂肪肝、乙腦、流腦等傳染病的診治，以及狂犬病的免疫預防方面進行了系列研究和臨床實踐，臨床治愈率均有較大提高，同時醫(yī)院加強重點科室的建設(shè)，積極發(fā)揮重點科室在醫(yī)、教、研等方面的積極作用。 　　南京市第二醫(yī)院堅持科教興院，擁有一批省內(nèi)外有影響的傳染病診治專家，其中多人擔任全國、省、市傳染病學術(shù)團體負責人。努力開展臨床應(yīng)用性研究和科技開發(fā)，與國內(nèi)外醫(yī)學院校建立廣泛的科研合作關(guān)系，先后與美國布朗大學、日本名古屋市立大學醫(yī)學院進行科研合作。 南京市第二醫(yī)院于1996年6月由原南京市鐘阜醫(yī)院與南京市傳染病醫(yī)院合并組成?，F(xiàn)為江蘇省唯一的三級傳染病醫(yī)院，同時是東南大學醫(yī)學院附屬醫(yī)院，南京大學醫(yī)學院 、南京醫(yī)科大學教學醫(yī)院，江蘇大學醫(yī)學院檢驗系教學基地，徐州醫(yī)學院碩士生培養(yǎng)點。醫(yī)院分設(shè)鐘阜部（院機關(guān)所在地） 和紫竹林部。占地共8萬平方米，建筑面積5萬多平方米，院內(nèi)樹木蔥蘢，百花爭艷，環(huán)境優(yōu)美，是一座典型的花園式醫(yī)院。 醫(yī)院現(xiàn)有職工746人，衛(wèi)技人員占75%，中級人員179人，高級專家兼職教授共63人。核定600張床位，分設(shè)16個病區(qū)。其中鐘阜部10個病區(qū)380張床位，主要收治各種法定傳染病和感染性疾病。設(shè)立肝病內(nèi)科、外科、婦產(chǎn)科、兒科、傳染雜病科、中西結(jié)合科、麻醉科等臨床科室。門診部設(shè)有相應(yīng)的?？萍皩＜姨厣T診。紫竹林部設(shè)6個病區(qū)220張床位，主要收治腫瘤內(nèi)科、外科、老年病科以及社會區(qū)服務(wù)部。其門診部除設(shè)有相應(yīng)的專科外，還設(shè)有動、寵物咬傷防疫門診，性病門診等。（現(xiàn)階段還保留傳染病應(yīng)急門診）